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中医基础理论学科成立于1956年建校伊始，由中医基础理论和黄帝内经两个专业构成，历经李斯炽、吴棹仙、李克光、邱明阳、郭仲夫、梅光慧、曾辅民、郑守曾、卢崇汉、马烈光、张新渝、陈钢、王承平、吴潜智、徐中环等薪火相传，经过60余年发展，现已拥有一支素质高、教学经验丰富、充满活力的师资队伍，是我国最早的硕、博士授权点之一，是中医学博士后科研流动站学位点。2020年被评为四川省中医药重点学科。

教研室承担了全校本科、八年制、九年制、硕博士研究生、港澳台班、成人教育本专科班等多个专业不同层次的多门课程。课程包括《中医基础理论》《中医学基础》《内经选读》《内经理论临床实践》等。2006年《中医基础理论》课程被评为省级精品课程。

教研室重视教研活动，积极开展研究性教学，充分贯彻“以学生为中心”的教学理念，进行对分课堂、翻转课堂、线上线下结合等教育教学改革。近年承担国家级、省部级、厅局级课题20余项，以第一作者公开发表论文150余篇。

学科柔性引进中国工程院院士程京天下足球网，中国中医科学院首席研究员胡镜清天下足球网；学科现有博士研究生导师2人，硕士研究生导师4人。教研室现有师资12人，其中天下足球网1人，副天下足球网5人，四川省中管局学术和技术后备人选2人。

主要研究方向：

1.中医藏象理论与应用研究

2.《黄帝内经》学术思想与应用研究