公卫中心联合天下足球网附属医院、四川省中医药科学研究院两家单位共同组建了中医药防治传染病重点研究室（以下简称“中研室”），并于2010年2月经国家中医药管理局现场评审后挂牌成为“中医药防治传染病重点研究室”建设单位。主要研究方向包括中医药防治新突发传染病、结核病、肝病、艾滋病四个方面。

多年临床和科研工作基础上，中研室参与或主持制定了多项新突发传染病或重点传染病的地方防控指南和诊疗方案。中研室参与制定《四川省新型冠状病毒感染的肺炎中医药防控技术指南》、《四川省新型冠状病毒感染的肺炎中医药防控技术指南（修订版）》、《四川省新型冠状病毒感染的肺炎中医药防控技术指南》（第三版至第六版），为四川省新冠肺炎防控制定了具有地方特色的诊疗方案。中研室主持撰写的《四川省中医药防治甲型H1N1流感技术方案》《成都市中医药防治人感染H7N9禽流感方案》《成都市中医药防治埃博拉出血热应急预案》等防控方案和诊疗预案多次被政府采用、公布和推广，并以每年举办培训班的形式对全市学员进行中医方案解读和培训，树立了省内医务人员对中医药防治传染病的信心。自成立以来，主持和参与国家级科研项目14项，主持和参与省部级科研项目21项，主持省级、局级及行业专项等项目78项。取得国家发明专利2项，获批院内制剂1项，获得中华医学科技奖二等奖1项、四川省科技进步奖三等奖2项、成都市科技进步奖三等奖2项、四川省医学科技二等奖1项、四川省医学科技三等奖3项、成都市医学科技一等奖1项、成都市医学科技三等奖2项。培养博士研究生2名，硕士研究生32名，国家级老中医药专家学术经验继承人2名，省级老中医药专家学术经验继承人6名，省级中医临床优秀人才1名，四川省名中医1名、四川省中医药管理局学术技术带头人和后备人员各1名、四川省卫生厅学术技术带头人2名、四川省卫计委学术技术带头人后备人选1名，成都市卫计委学术技术带头人3名。制定了21个中医/中西医结合治疗规范、23个院内协定处方，推广了9种中医特色技术，举办国家级、省级、市级继教项目48项。

公卫中心在历次疫病的中西医协同治疗中取得了良好疗效，如甲型H1N1流感、高致病性禽流感、新型冠状病毒肺炎等。新冠肺炎疫情防控成效证实中西医结合、中西药并用是这次疫情防控的优势所在，也是中医药传承精华、守正创新的生动实践。在面对不明原因的突发、新发疫病时，中医药显示出独特的优势。